V postopku dodeljevanja vlakovne poti se uporabljajo določbe zakona, ki ureja splošni upravni postopek, če s tem zakonom ni drugače določeno. Zoper odločbo agencije lahko prosilec vloži pritožbo na regulatorni organ. Vloga, ki je bila zavrnjena zaradi nezadostnih infrastrukturnih zmogljivosti, se ponovno prouči ob naslednji prilagoditvi voznega reda omrežja, če tako zahteva prosilec.