S statutom Zavoda se opredelijo tudi strokovne naloge Zavoda, ki obsegajo: izvajanje obveznega zavarovanja, sklepanje pogodb z zdravstvenimi in drugimi zavodi ter organizacijami, ki opravljajo zdravstveno dejavnost, oziroma z zasebnimi zdravstvenimi delavci, izvajanje mednarodnih pogodb o zdravstvenem zavarovanju, finančno poslovanje, opravljanje drugih strokovnih, nadzornih in administrativnih nalog ter dajanje pravne in druge strokovne pomoči zavarovanim osebam.
Zavod vodi baze podatkov in evidence s področja zdravstvenega zavarovanja in uporablja evidence s področja zdravstvenega varstva v skladu s posebnim zakonom.