Inštitut za varovanje zdravja opravlja znanstvenoraziskovalno in vzgojnoizobraževalno delo na svojem področju, pripravlja strokovne podlage za načrtovanje zdravstvenega varstva, za sprejemanje odločitev s tega področja in za strokovne naloge iz pristojnosti zdravniške zbornice; opravlja strokovne naloge za Svet za zdravje in za Republiški sanitarni inšpektorat ter se v zvezi s svojo dejavnostjo povezuje z drugimi zavodi na terciarni ravni.
Inštitut usklajuje in predlaga ter v sodelovanju z območnimi zavodi za zdravstveno varstvo izvaja program socialnomedicinske, higienske, epidemiološke in zdravstveno-ekološke dejavnosti za območje Republike Slovenije.