Ravnatelj najpozneje v treh dneh po prejemu ugovora imenuje komisijo. Med člani komisije mora biti vsaj en član, ki ni zaposlen v šoli.
Če komisija ugotovi, da je pri ugotavljanju dosežka učenca pri nacionalnem preverjanju znanja ob koncu tretjega obdobja prišlo do pisne ali računske napake, se postopek ugotavljanja dosežka ponovi.