Predstojnik organa skupne občinske uprave odgovarja za izvrševanje upravnih nalog, ki spadajo v krajevno pristojnost posamezne občine, županu in tajniku te občine, za delo organa skupne občinske uprave v celoti pa skupaj vsem županov občin, ki so organ skupne občinske uprave ustanovile.
O izločitvi predstojnika organa skupne občinske uprave ali zaposlenega v občinski upravi odloča tajnik občine, v katere krajevno pristojnost zadeva spada, ki v primeru izločitve predstojnika o stvari tudi odloči.