Ima protiobveščevalni oddelek, oddelek za protiobveščevalno zaščito gospodarske in prometne infrastrukture, oddelek za zaščito oboroženih sil, oddelek za zaščito državne meje in oddelek za zaščito ustavne ureditve in boj proti terorizmu. Slednji nadzira »politični ekstremizem« in se bori proti vsem njegovim oblikam. Ruske tajne službe so bile že nekajkrat obtožene, da so bile vpletene celo v umore nasprotnikov sedanjega režima (umor novinarke Ane Politkovske, umor nekdanjega agenta Litvinenka itd.).