Ker omenjena šola ostaja začasno še v omenjenem objektu, bo ministrstvo za čas od avgusta 2005, ko sta bila opravljena prevzem in predaja in dokler se zadeve za srednjo biotehniško šolo ne uredijo, nadškofiji plačevalo tudi najemnino. Gre za - po ministrovih besedah - okoli 5 milijonov tolarjev ali nekaj več kot 20.000 evrov mesečno. Temu znesku pa je treba prišteti še najemnino za kmetijsko fakulteto, ki jo plačuje ministrstvo za visoko šolstvo, ta pa znaša dodatnih 10.870 evrov mesečno.