Papež Janez Pavel II. mu je med drugim dodelil nalogo, da preuči vse okoliščine t.i. tretje prerokbe iz Fatime, hkrati pa je dobil nalogo, da prerokbo, ki je dolgo veljala za skrivnost, pripravi za objavo. Prerokba iz Fatime je govorila, da bo papež žrtev atentata.
Leta 2002 je bil nadškof Bertone prestavljen v Genovo, leta 2003 pa je postal kardinal.