Leta 1995 je prevzel službo tajnika kongregacije za nauk vere. Papež Janez Pavel II. mu je med drugim dodelil nalogo, da preuči vse okoliščine t.i. tretje prerokbe iz Fatime, hkrati pa je dobil nalogo, da prerokbo, ki je dolgo veljala za skrivnost, pripravi za objavo. Prerokba iz Fatime je govorila, da bo papež žrtev atentata.