Največji Rupnikov mozaik v domovini je v sodobni stavbi cerkve na Markovcu v Kopru; to je hkrati tretji največji mozaik, ki ga je naredil pater. »Moram reči, da so otroci dosti bolj mirni oziroma sploh se mi ne dogaja več, da bi klepetali med sabo, odkar je v cerkvi mozaik,« je o učinku mozaika na vernike povedal župnik Lojze Kržišnik. 115 kvadratnih metrov veliko poslikavo so v rimskem ateljeju Aletti snovali tri mesece, na Markovcu pa ga je štirinajst dni sestavljala skupina enajstih študentov in stalnih sodelavcev Marka Rupnika.