Nadškof je postal leta 1991, med letoma 1995 in 2002 pa je kot tajnik kongregacije za nauk vere služboval v Vatikanu. Zgolj spotoma: predstojnik kongregacije za nauk vere, ki skrbi za doktrinarno čistost, je bil v tistem času kardinal Ratzinger, danes papež Benedikt XVI.
Ob smrti papeža Janeza Pavla 2. je bil kardinal Bertone na ožjem seznamu možnih naslednikov.