Ni namreč še jasno, ali bodo bakterije lahko dosegle prav vse škodljivce, ki se skrivajo v svojih rovih, in kako dolgo bodo bakterije oziroma njihove spore lahko preživele v lesu. Koestler opozarja tudi, da bi zaradi takšne uporabe biotoksinov škodljivci lahko postali odporni nanje. »Za nadzor z bakterijami je potrebna visoka stopnja vlage, če že ne kar tekoča voda, sicer bakterije ne preživijo.