Slednje ali pa celo skladišče skupaj z Museionom, glede tega si viri niso edini, naj bi bilo žalostno usodo doživelo v požaru leta 47 pr. n. š., ko je v času aleksandrijskih vojn Julij Cezar dal zažgati ladjevje Kleopatrinega prvega moža, Ptolemaja XIII. Izgubo je kasneje delno nadomestil Mark Antonij, saj je Kleopatri zaradi njene naklonjenosti podaril 200.000 zvitkov iz pergamske knjižnice. Bili so še drugi požari, vendar sta knjižnici »zdržali« še dobrih 400 let.