Konkretneje, če je kakšna ogrožena populacija že vključena v Naturo 2000, vseh mejnih območij v posebno varstveno območje niso vključevali. Tako so recimo pri sulcu zavarovali le del Save od Medvod do Črnuškega mosta, saj bi celovita rešitev spodkopala projekt verige hidroelektrarn.
Tudi pri izrezih Nature 2000 se torej pojavlja enaka težava kot pri občinah.