Vendar s tokom dogodkov ni bil zadovoljen. Ko sta se leta 1991 od federacije odcepili Slovenija in Hrvaška, je vedel, da bo BiH moral popeljati po isti poti; če je ne bi bil, bi ostala le »Srboslavija«, v kateri bi bila Bosna poteptana. Leta 1992 je tako svojo državo brez privolitve bosenskih Srbov obotavljivo popeljal k neodvisnosti.