Naložen je operacijski sistem OS X 10.3 (»Panter«), tisti, ki še zmeraj uporabljajo tudi »stare« programe za OS 9, pa si lahko zagotovijo miren spanec z namestitvijo posebne »združljivosti s klasiko« (Classic compatibility).
Kot večina računalnikov vrste »vse v enem«, ima tudi iMac nekatere pomanjkljivosti. Sestavne dele (disk, grafična kartica, procesor) je težko ali pa sploh nemogoče zamenjati.