Veliko površino prekriva blatična voda, ki tudi v zimskih mesecih, razen zelo hudih zimah ne zamrzne, tako kot večina stoječih voda v srednji in severni Evropi. Različne globine zatoka, velika pestrost habitatov, zamočvirjeni travniki, plitvine in poloji, bibavični pas, obrežja, mlake, reke, omogočajo dejansko to pestrost rastlinskih in živalskih vrst. Škocjanski zatok je zato pomemben predstavnik mokrišč, to je tistih vrst biotopov, ki jim je urbanizacija do sedaj najmanj prizanašala, in zaradi tega tudi so mokrišča v prvi vrsti ogroženih biotopov pri nas in na svetu nasploh.