Škocjanski zatok z okolico je posebnost med slovenskimi ekosistemi. To pogojujejo predvsem neposredna bližina morja, mediteranska klima in submediteranska vegetacija, kakor tudi sam ustroj in razsežnost zatoka. Veliko površino prekriva blatična voda, ki tudi v zimskih mesecih, razen zelo hudih zimah ne zamrzne, tako kot večina stoječih voda v srednji in severni Evropi.