Toda povezava cerkve in države v Moskvi, od koder sta metropolit in knez vladala vsak na svoje področju, je Moskvo kaj kmalu spremenila v prestolnico verskega in političnega nacionalizma. Pod to vladavino je mistični zagon kaj kmalu opešal, prišlo pa je tudi do sinode ruskih škofov, ki so odstranili grškega humanista Izidorja z mesta kijevskega metropolita in metropolita vseh Rusij, in osamosvojili Moskvo izpod carigrajskega patriarhata. Odtlej je bila Moskva »tretji Rim«.