Leta 1540 je pa bil Trubar na kraljevo povelje izgnan iz Ljubljane; dve leti pozneje pa ga je škof Kacijanar spet poklical iz Loke v Ljubljano. Leta 1544 pa je postal ljubljanski škof Urban Tekstor, prijatelj Ignaca Lojole, ustanovitelja jezuitskega reda; vendar sta tam pridigala Trubar in protestant Paul Wiener, ki se je bil že oženil. Ampak ko so se začeli ženiti tudi drugi duhovniki in ko je škof -- ki ga skoro nikoli ni bilo v Ljubljani -- zvedel, da obhaja Trubar v obojni podobi (vino in kruh) -- očitni znak luteranstva -- je izdal leta 1547 ukaz, da naj primejo in zapro vse glavne protestante; tudi Trubar je bil med temi.