Nobena znanstvena metoda ne more odgovoriti na vsa vprašanja, zato je v raziskavah smiselno sočasno uporabiti več različnih metod. Vprašanja, na katera ne more odgovoriti na primer fizika ali metafizika, vsaka sama zase, lahko pojasni povezana uporaba metod z obeh področij. Raziskovalne metode fizike se precej razlikujejo od raziskovalnih metod metafizike.