Na tej osnovi določijo izhodišča za izvajanje programov in za oblikovanje cen programov oziroma storitev ter druge podlage za sklepanje pogodb z zdravstvenimi zavodi, drugimi zavodi in organizacijami, ki opravljajo zdravstveno dejavnost ter zasebnimi zdravstvenimi delavci.
Če izhodišča iz prejšnjega odstavka niso sprejeta do konca decembra za naslednje leto, odloči o njih najpozneje v enem mesecu arbitraža, ki jo sestavlja enako število predstavnikov Zavoda, predstavnikov pristojnih zbornic in združenj zdravstvenih zavodov ter predstavnikov ministrstva, pristojnega za zdravstvo. Če v okviru arbitraže ni mogoče doseči sporazuma, odloči o spornih vprašanjih Vlada Republike Slovenije.