Strokovni nadzor nad izvajanjem javne službe zdravstvenega varstva rastlin izvaja uprava, inšpekcijski nadzor opravlja fitosanitarna inšpekcija, razen v primeru javne službe zdravstvenega varstva rastlin v gozdarstvu, kjer se strokovni in inšpekcijski nadzor izvajata v skladu z zakonom, ki ureja področje gozdarstva.
Uprava lahko naloge strokovnega nadzora iz prejšnjega odstavka dodeli drugim pravnim osebam kot javno pooblastilo.