Postopek za izplačilo odškodnine se začne na zahtevo imetnika uničenih ali drugače odstranjenih rastlin, rastlinskih proizvodov in nadzorovanih predmetov. V zahtevi, ki jo vloži na Upravo, mora navesti zlasti vrsto in količino rastlin, rastlinskih proizvodov in nadzorovanih predmetov ter izjavo o vrsti in času izvedbe ukrepov. Zahtevo za izplačilo odškodnine lahko vloži najpozneje v enem letu po izdaji zapisnika pristojnega inšpektorja o izvedenih ukrepih.