Škodljivi organizmi se glede na nevarnost za zdravje in obstoj posameznih vrst rastlin ter glede na nevarnost povzročitve velike ekonomske škode razvrstijo v sezname. Za preprečevanje vnosa in širjenja škodljivih organizmov se izvaja stalni nadzor škodljivih organizmov ter ukrepi po tem zakonu.
Škodljivi organizmi, ki se štejejo za posebej nevarne rastlinam in rastlinskim proizvodom, so razvrščeni v naslednje sezname: