Fitosanitarna in gozdarska inšpekcija zagotavljata enotno izvajanje postopkov dela in ukrepov na področju zdravstvenega varstva rastlin, izvajata inšpekcijsko spremljanje zdravstvenega stanja rastlin, zagotavljata strokovno usposabljanje inšpektorjev, sodelujeta pri pripravi predpisov s svojega delovnega področja ter opravljata druge zadeve, določene z zakonom ali z drugim predpisom.
Inšpekciji pri svojem delu sodelujeta z upravo, z drugimi inšpekcijami, zavodi in z drugimi organizacijami in s strokovnjaki za kmetijstvo in gozdarstvo v Republiki Sloveniji in tujini.