Inštitut usklajuje in predlaga ter v sodelovanju z območnimi zavodi za zdravstveno varstvo izvaja program socialnomedicinske, higienske, epidemiološke in zdravstveno-ekološke dejavnosti za območje Republike Slovenije.
Pri uresničevanju svojega programa sodelujejo Inštitut za varovanje zdravja in območni zavodi za zdravstveno varstvo ter ustrezni inštituti medicinske fakultete kot enoten strokovno tehnološki sistem na podlagi metodološke in vsebinske poenotenosti.