Direktorja imenuje na podlagi javnega razpisa ustanovitelj javnega zavoda po predhodnem mnenju sveta in strokovnega sveta za dobo petih let z možnostjo ponovnih imenovanj. Poleg javnega razpisa lahko ustanovitelj javnega zavoda povabi posamezne kandidate tudi neposredno.
Za direktorja je lahko imenovan kdor strokovno pozna področje dela javnega zavoda in ima vodstvene sposobnosti.