Javni zavod zastopa, predstavlja in vodi direktor. Z aktom o ustanovitvi javnega zavoda se lahko funkcija direktorja poimenuje tudi drugače.
Akt o ustanovitvi lahko določa, da ima javni zavod za posamezna področja (vodenje strokovnega dela, finančne in pravne zadeve ipd.) tudi pomočnike direktorja in uredi način njihovega imenovanja ter njihove naloge in pristojnosti.