(1) Direktorja oziroma direktorico (v nadaljnjem besedilu: direktorja) agencije imenuje, in razrešuje Vlada Republike Slovenije, na predlog ministra, pristojnega za finance, za dobo petih let z možnostjo ponovnega imenovanja, na podlagi 21. člena oziroma prvega odstavka 23. člena ter 50. člena ZJA.
(2) Minister, pristojen za finance, predlaga Vladi Republike Slovenije kandidata za direktorja agencije na podlagi javnega natečaja, izvedenega s strani posebne natečajne komisije, ki jo imenuje uradniški svet, ki mora biti objavljen najmanj 6 mesecev pred mandata obstoječemu direktorju.
(3) Poleg pogojev za direktorja iz drugega odstavka 19. člena ZJA mora oseba, ki je imenovana za direktorja agencije izpolnjevati še naslednje pogoje: