Če pri vmesnem varnostnem preverjanju pristojni organ ugotovi, da organizacija ne izpolnjuje več pogojev, ki jih ta zakon določa za izdajo varnostnega dovoljenja, ji varnostno dovoljenje prekliče. O preklicu varnostnega dovoljenja obvesti tudi nacionalni varnostni organ.
Zoper zavrnitev izdaje varnostnega dovoljenja in njegov preklic je dovoljen upravni spor.