Postopek vmesnega varnostnega preverjanja je enak postopku varnostnega preverjanja za izdajo varnostnega dovoljenja. Če pri vmesnem varnostnem preverjanju pristojni organ ugotovi, da organizacija ne izpolnjuje več pogojev, ki jih ta zakon določa za izdajo varnostnega dovoljenja, ji varnostno dovoljenje prekliče. O preklicu varnostnega dovoljenja obvesti tudi nacionalni varnostni organ.