Vmesno varnostno preverjanje se opravi na predlog predstojnika organa ali organizacije, v kateri oseba opravlja funkcijo ali izvaja naloge, ob smiselni uporabi določb 22.a člena tega zakona.
Nacionalni varnostni organ lahko da pristojnemu organu predlog za vmesno varnostno preverjanje osebe, če pri nadzoru iz šeste alinee tretjega odstavka 43.b člena tega zakona ugotovi sum varnostnega zadržka iz 27. člena tega zakona. O tem mora obvestiti predstojnika organa ali organizacije, kjer je oseba, za katero predlaga vmesno varnostno preverjanje, zaposlena.