Tretji predmet določi minister tako, da v mesecu septembru izmed obveznih predmetov 8. in 9. razreda po predhodni pridobitvi mnenja Strokovnega sveta Republike Slovenije za splošno izobraževanje izbere največ štiri predmete, iz katerih se bo v tekočem šolskem letu izvedlo nacionalno preverjanje znanja. V mesecu marcu minister določi, iz katerega tretjega predmeta se bo preverjalo znanje z nacionalnim preverjanjem znanja na posamezni osnovni šoli.
Učenci, ki se zaradi bolezni ali drugih utemeljenih razlogov ne morejo udeležiti nacionalnega preverjanja znanja ob koncu tretjega obdobja, imajo pravico do opravljanja nacionalnega preverjanja znanja v naknadnem roku.