Če komisija pri nadzoru uporabe in učinkov dodeljenih državnih pomoči - naknadnem nadzoru - ugotovi nepravilnosti, o tem izda mnenje dajalcu državne pomoči in mu določi rok za odpravo nepravilnosti.
Če dajalec državne pomoči ne upošteva mnenja komisije in ne odpravi nepravilnosti v danem roku, pošlje komisija poročilo z mnenjem in predlogi ukrepov Vladi Republike Slovenije.