V primerih iz prejšnjega odstavka policist, odgovoren za organizacijo in vodenje mejne kontrole, določi prednostne cilje mejne kontrole, ki se morajo prilagajati konkretnim razmeram tako, da je mejna kontrola čim bolj učinkovita.
Pri določanju prednostnih ciljev mejne kontrole ima kontrola vstopa v državo praviloma prednost pred kontrolo izstopa iz države.
Če je promet preko posameznega mejnega prehoda majhen in če to dopuščajo varnostne razmere, sme generalni direktor policije, v kolikor to ni v nasprotju z mednarodnimi obveznostmi Republike Slovenije ali javnim interesom, odrediti, da se sme mejna kontrola opravljati v obliki policijskih patrulj.