Če iz posebnih razlogov ni mogoče izvajati mejne kontrole v celoti, ker bi kljub temu, da so izkoriščene vse kadrovske in organizacijske možnosti, prišlo do nesprejemljivih čakalnih dob za prestop meje ali drugih nesprejemljivih motenj pri odvijanju prometa preko mejnega prehoda, sme policist, odgovoren za organizacijo in vodenje mejne kontrole, začasno odrediti delno opustitev mejne kontrole.
V primerih iz prejšnjega odstavka policist, odgovoren za organizacijo in vodenje mejne kontrole, določi prednostne cilje mejne kontrole, ki se morajo prilagajati konkretnim razmeram tako, da je mejna kontrola čim bolj učinkovita.