Ministrstvo je odgovorno za strokovno in organizacijsko izvajanje kmetijskega knjigovodstva in izvajanje sodelovanja s strokovnimi institucijami in upravnimi organi.
Minister ustanovi komisijo za spremljanje in izvajanje kmetijskega knjigovodstva, ki jo sestavljajo strokovnjaki za kmetijsko svetovanje, državno statistiko, izobraževanje, raziskovanje in predstavniki Kmetijsko gozdarske zbornice Slovenije ter Zadružne zveze Slovenije.
Podatke, pridobljene z vodenjem kmetijskega knjigovodstva posameznih kmetij, je dovoljeno uporabljati v skladu s predpisi o varstvu osebnih podatkov.