Zaradi nepredvidljive nevarnosti, ki jo predstavlja škodljivi organizem, ki ga ni mogoče zatreti oziroma ustrezno omejiti z registriranimi FFS ali drugimi ukrepi, lahko pristojni organ izda izjemno dovoljenje za promet oziroma uporabo neregistriranega FFS ali neregistrirano uporabo FFS. Postopek za izdajo izjemnega dovoljenja se lahko začne po uradni dolžnosti ali na predlog stranke.