V soglasju z vlagateljem iz prvega odstavka tega člena, se lahko predlagana uporaba FFS v postopku registracije spremeni, da bi se na določenem območju izločile vse neprimerljive razmere v kmetijski pridelavi, varstvu rastlin ali okolju (vključno s klimatskimi pogoji), ki so z vidika primerljivosti nepomembne.
Pri odločitvi o registraciji FFS se upošteva tudi pogoje, določene s predpisi EU v zvezi s prometom in uporabo FFS, namenjenimi varovanju zdravja pravnih in fizičnih oseb, ki dajejo FFS v promet, ter uporabnikov FFS.
Z odločbo o registraciji FFS lahko pristojni organ omeji uporabo FFS zaradi razlik v prehranskih navadah prebivalstva v državah članicah EU in zaradi preprečevanja izpostavljenosti potrošnikov kontaminaciji s hrano, višji od sprejemljivega dnevnega vnosa () ostankov FFS.