Z dnem uveljavitve tega zakona prenehajo veljati zakonske določbe, ki določajo organe in organizacije v sestavi ministrstev ter urejajo njihova razmerja do ministrstev in njihovo notranjo organizacijo, razen določb Zakona o obrambi (Uradni list RS, št. 82/94, 44/97, 87/97 in 13/98).
Na področjih, kjer je v zakonu iz prvega odstavka tega člena določeno, da organ v sestavi odloča v upravnem postopku na prvi in na drugi stopnji, najkasneje v šestih mesecih od uveljavitve tega zakona prevzame odločanje na drugi stopnji pristojno ministrstvo; ministrstvo prevzame tudi delavce ter ustrezne pravice proračunske uporabe, prostore, opremo in dokumentacijo.