Načelnik upravne enote za svoje delo in delo upravne enote odgovarja ministru, pristojnemu za upravo. Minister, pristojen za upravo, kot predstojnik načelnika upravne enote s splošnim aktom uredi način uresničevanja pravic in obveznosti iz delovnega razmerja načelnikov upravnih enot.
Usmeritve in obvezna navodila ministrstev iz 49. člena tega zakona so za upravne enote zavezujoča, če z njimi z vidika organizacijskih, kadrovskih, finančnih in drugih posledic za poslovanje upravne enote pisno soglaša minister, pristojen za upravo.