Notranjo organizacijo in sistemizacijo delovnih mest ministrstva določi minister v soglasju z vlado. Če zakon ne določa drugače, določi notranjo organizacijo in sistemizacijo delovnih mest organa v sestavi, na predlog predstojnika organa v sestavi, minister v soglasju z vlado.
Pred sprejetjem akta iz prejšnjega odstavka mora predstojnik pridobiti mnenje reprezentativnih sindikatov v ministrstvu oziroma v organu v sestavi v skladu z zakonom, ki ureja delovna razmerja javnih uslužbencev.