Organ v sestavi izvaja naloge v skladu z zakonom, drugimi predpisi, programom dela, ki ga sprejme minister na predlog predstojnika organa v sestavi, in finančnim načrtom, ki se sprejme v skladu z zakonom o javnih financah.
Minister daje organu v sestavi ministrstva usmeritve za delo organa v sestavi.
Minister daje organu v sestavi obvezna navodila za delo ter mu naloži, da v mejah svoje pristojnosti opravi določene naloge ali sprejme določene ukrepe ter mu o tem poroča.