V ministrstvu se v skladu z zakonom, ki ureja položaj javnih uslužbencev, imenuje generalna sekretarka oziroma generalni sekretar (v nadaljnjem besedilu: generalni sekretar).
Generalni sekretar vodi strokovno delo na področju upravljanja s kadrovskimi, finančnimi, informacijskimi in drugimi viri ter pomaga ministru pri koordinaciji med notranjimi organizacijskimi enotami ministrstva.