Ministrstvo, pristojno za pravosodje, izvaja pravosodni nadzor preko vodij državnih tožilstev ali Vrhovnega državnega tožilstva, glede Vrhovnega državnega tožilstva pa preko generalnega državnega tožilca, lahko pa tudi neposredno, v skladu s prvim odstavkom 66.č člena tega zakona.
Državni tožilec ali vodja državnega tožilstva lahko zavrne izvajanje pravosodnega nadzora po tem členu, če meni, da gre za nedovoljen poseg v samostojnost državnega tožilca. O tem mora takoj obvestiti generalnega državnega tožilca in Vlado Republike Slovenije.