Zadeve državnotožilske uprave opravlja vodja državnega tožilstva. Na podlagi pooblastila, ki ga izda vodja državnega tožilstva, jih lahko pod njegovim nadzorom opravlja tudi sekretar državnega tožilstva, na podlagi pooblastila, ki ga izda generalni državni tožilec, pa jih pod njegovim nadzorom lahko opravlja tudi generalni sekretar Vrhovnega državnega tožilstva.
Kadar je treba v zadevi državnotožilske uprave odločiti o pravici, obveznosti ali pravni koristi osebe, se v postopku odločanja smiselno uporabljajo določbe zakona, ki ureja splošni upravni postopek, če ni s tem zakonom drugače določeno.