V primerih, ko je potrebno izvesti poseben ugotovitveni postopek, je rok za izdajo odločbe štiri mesece od vložitve popolne vloge.
Pri odločanju o pritožbi zoper odločbo Agencije za energijo, izdano na prvi stopnji, lahko pristojno ministrstvo odločbo le odpravi, ne more pa je spremeniti oziroma nadomestiti s svojo odločbo. Pritožba zoper odločbo Agencije za energijo ne zadrži njene izvršitve.