Razen v postopku izdaje licence je rok za izdajo odločbe Agencije za energijo v primerih, ko ni potreben poseben ugotovitveni postopek, dva meseca od vložitve popolne vloge. V primerih, ko je potrebno izvesti poseben ugotovitveni postopek, je rok za izdajo odločbe štiri mesece od vložitve popolne vloge.
Pri odločanju o pritožbi zoper odločbo Agencije za energijo, izdano na prvi stopnji, lahko pristojno ministrstvo odločbo le odpravi, ne more pa je spremeniti oziroma nadomestiti s svojo odločbo.