Agencija za energijo odloča v posamičnih zadevah v upravnem postopku, če ta zakon ne določa drugače.
Razen v postopku izdaje licence je rok za izdajo odločbe Agencije za energijo v primerih, ko ni potreben poseben ugotovitveni postopek, dva meseca od vložitve popolne vloge. V primerih, ko je potrebno izvesti poseben ugotovitveni postopek, je rok za izdajo odločbe štiri mesece od vložitve popolne vloge.